Nagrody
- Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski (2012)
- Odznaka Zasłużony Działacz Kultury RP (2001)
- Odznaka Za Zasługi dla Niepodległości 1956-1989 (2018)
„Kamienna cisza”
- Nagroda "Sky is the Limit" w kategorii „work in progress” na Międzynarodowym Festiwalu Filmu Dokumentalnego w Chicago 2007
- Nagroda Jury Ekumenicznego na 50. Festiwalu Filmów Dokumentalnych i Animowanych w Lipsku (DOK Leipzig) 2007
- Nagroda za Najlepszy Debiut Reżyserski na festiwalu MiradasDoc (Hiszpania) 2008
- Nagroda Specjalna Jury na 5. Międzynarodowym Festiwalu Praw Człowieka "Docudays" w Kijowie 2008
- Dyplom Honorowy na 48. Krakowskim Festiwalu Filmowym 2008
- Nagroda Publiczności na XV Festiwalu Filmu Polskiego w Ann Arbor (USA) 2008
- III Nagroda na 17. Europejskim Festiwalu Filmowym "dokumentART" (Szczecin-Neubrandenburg) 2008
- I Nagroda na I Festiwalu Filmów o Rodzinie FOR w Łodzi 2008
- Dyplom gratulacyjny Polskiego Instytutu Sztuki Filmowej za nagrody dla "Kamiennej ciszy" przyznane na festiwalach 2008
„Dybuk. Rzecz o wędrówce dusz”
- Srebrny Lajkonik dla Reżysera Najlepszego Filmu Dokumentalnego, Krakowski Festiwal Filmowy 2015
- Rekomendacja Krakowskiego Festiwalu Filmowego do Europejskiej Nagrody Filmowej 2015
- Nagroda Międzynarodowej Federacji Krytyków Filmowych FIPRESCI, Międzynarodowy Festiwal Filmowy w Odessie 2015
- Nominacja do Nagrody „Lepziger Ring”, DOK Leipzig 2015
- Special Jury Mention for Feature Documentary, Dada Saheb Phalke Film Festival 2016
- Nominacja do Nagrody za Najlepszą Reżyserię Zagranicznego Filmu Dokumentalnego, Nice International Film Festival South of France 2016
- Warszawski Feniks – Nagroda Specjalna im. Antoniego Marianowicza dla Najlepszego Filmu Polskiego, Międzynarodowy Festiwal Filmowy „Żydowskie Motywy” 2016
- Nagroda w konkursie pełnometrażowych filmów dokumentalnych, Near Nazareth Festival 2016
- Nagroda w kategorii „Konflikt”, Moscow Jewish Film Festival 2016
- Wyróżnienie Dyrektora Festiwalu Filmów Dokumentalnych Kino z Duszą 2017
Inne nagrody i wyróżnienia filmowe
- Nagroda Specjalna Rzeźba Bronisława Chromego dla Najlepszego Producenta Polskich Filmów Krótkometrażowych i Dokumentalnych na 46. Krakowskim Festiwalu Filmowym 2006
- Laur – Narodowa Rosyjska Nagroda Filmowa w kategorii „najlepszy krótkometrażowy film autorski” (wspólnie z Wojciechem Kasperskim i Szymonem Lenkowskim) – „Nasiona” 2006
- Laur – Nominacja do Narodowej Rosyjskiej Nagrody Filmowej w kategorii „najlepszy krótkometrażowy niefabularny film telewizyjny” (wspólnie z Wojciechem Kasperskim) – „Nasiona” 2006
- Nagroda Specjalna Rzeźba Bronisława Chromego dla Najlepszego Producenta Polskich Filmów Krótkometrażowych i Dokumentalnych na 47. Krakowskim Festiwalu Filmowym 2007
- Pierwsza Nagroda dla najlepszego filmu krótkometrażowego – IV Międzynarodowy Festiwal Filmu Dokumentalnego "Punto de Vista", Pampeluna, Hiszpania (wspólnie z Rafałem Skalskim) – „52 procent” 2007
- Nagroda Tygodnia Krytyki Filmowej, Międzynarodowy Festiwal Filmowy w Locarno (wspólnie z Beatą Dzianowicz) – „Latawce” 2008
Pozostałe nagrody
- Nagroda im. Wacława Borowego za działalność w studenckim ruchu naukowym (trzykrotnie 1978-1882)
- Honorowe Wyróżnienie „Solidarności” Wydawców za opracowanie wyboru publicystyki rozproszonej Czesława Miłosza „Poszukiwania” (Wydawnictwo CDN, Warszawa 1985) 1985
- Nagrody Rektora Uniwersytetu Warszawskiego (pięciokrotnie 1983-2023)
- Nagroda im. Beaty Pawlak za książkę „Dybuk. Opowieść o nieważności świata” (wspólnie z Anną Sajewicz) 2017